اتسعت دائرة الاتهامات لوكالات الأمم المتحدة بصنعاء بتجيير المساعدات والمواد الإغاثية لصالح الانقلابيين الحوثيين والرئيس السابق علي صالح، ووسطط تصاعد الاعتقاد بأن عمليات الفساد الكبيرة والتلاعب بالمواد الإغاثية تسببت في انتشار دائرة المجاعة في البلاد وأيضا خلقت مصادر تمويل كبيرة لجبهات القتال التابعة للانقلابيين.
وبدأ العديد من السياسيين والدبلوماسيين اليمنيين بفتح ملفات فساد وكالات الأمم المتحدة العاملة في اليمن بعد أن نفد الصبر منها، إثر تمركزها في العاصمة صنعاء، التي يسيطر عليها الانقلابيون الحوثيون وقوات صالح. وكان السفير اليمني في واشنطن الدكتور أحمد عوض بن مبارك شن هجوما لاذعا على وكالات الأمم المتحدة بصنعاء واتهمها صراحة بالفساد وفي مقدمة ذلك منظمة الأمم المتحدة للطفولة.
وقال بن مبارك في تصريحات متلفزة ان منظمة يونيسيف قامت بتمويل طباعة كتب طائفية للحوثيين بصنعاء واتهما باستقطاع نسب وصفها بالكبيرة من أموال المساعدات الإنسانية المقدمة لليمن كنفقات إدارية ومرتبات وأجور. واتهم وكالات الأمم المتحدة بالعمل من صنعاء عبر طواقم وموظفين منحازين للحوثيين أو مكرهين للعمل لصالحهم. 
وكان العديد من السياسيين اليمنيين اتهموا العديد من وكالات الأمم المتحدة بصنعاء بارتكاب أعمال فساد أو محاباة الانقلابيين الحوثيين وبالتالي انكشف الانحياز في أعمالهم لصالح الحوثيين وظهرت الآثار السلبية لذلك من خلال المؤشرات الكبيرة لحصول مجاعة وشيكة في العديد من المحافظات اليمنية، رغم الحجم الكبير من المساعدات الإنسانية لليمن. إلى ذلك اضطرت العديد من المنظمات الدولية العاملة في المحافظات التي تسيطر عليها ميليشيا الانقلابيين الحوثيين إلى إإغلاق مكاتبها هناك والتوقف عن ممارسة نشاطها بسبب تدخلات الميليشيا الحوثية في أنشطتها. 
وأعلن مدير منظمة أطباء بلا حدود الدولية في اليمن هايج روبرت امس الخميس، إن منظمته اضطرت إلى إيقاف أعمالها في مدينة إب (وسط اليمن)، نتيجة لعدم قدرتها على إدارة نشاطها الطبي وفق مبادئ الاستقلالية والحيادية. وأرجع أسباب اضطرارهم لإيقاف عمل المنظمة في محافظة إب إلى تدخلات الحوثيين في عمل المنظمة، طبقاً لما أورده مصدر طبي لموقع (المصدر أونلاين) الإخباري المستقل. 
ووصف هذا القرار بـ(الصعب)، وإن «مغادرتنا لن تكون فورية، وإنما بشكل تدريجي خلال الثلاثة الأشهر المقبلة». 
 وأوضح أن منظمة أطباء بلاحدود قدمت الرعاية الطبية العاجلة والمنقذة للحياة في مستشفى الثورة في مدينة إب، منذ شهر كانون الثاني (يناير) 2016، وخلال السنة الماضية عالجت المنظمة أكثر من 41 ألف مريض.
وأكد أن نشاطهم إغاثي طبي إنساني دولي مستقل، وأن منظمته تقدم الرعاية الطبية لكل محتاجيها، بصورة محايدة، بغض النظر عن انتماءاتهم الدينية أو العشائرية أو السياسية أو العقائدية أو غيرها من الانتماءات، وتوفر الرعاية الكاملة لمرضاها بشكل مجاني وهي متوفرة للجميع من دون تمييز.
وقال إن أطباء بلا حدود لا تزال ملتزمة تجاه الشعب اليمني وسوف تستكمل نشاطاتها الطبية في ثماني محافظات يمنية «ونحن نجدد نداءنا لكافة الأطراف المشاركة بالقتال، إلى احترام حياة المدنيين والكيان الطبي».