تعتبر واشنطن أن تنظيم القاعدة في اليمن حيث تدرب أحد المشتبه بهما في الاعتداء على صحيفة شارلي أيبدو في باريس على السلاح هو الفرع الأنشط في شبكة القاعدة.
نشأ التنظيم عام 2009 نتيجة اندماج الفرعين اليمني والسعودي للقاعدة، وهو مدرج على قائمة المنظمات التي تصنفها واشنطن إرهابية وترصد 10 ملايين دولار مكافأة لأي معلومات تساعد في القبض زعيم الفرع اليمني ناصر الوحيشي وسبعة قياديين آخرين.
أعلن الوحيشي في تموز/يوليو 2011 ولاءه لأيمن الظواهري الزعيم الجديد لتنظيم القاعدة بعد مقتل أسامة بن لادن في عملية للقوات الأميركية الخاصة على باكستان في مايو 2011.
وتنبى التنظيم في السنوات الأخيرة عددا كبيرا من الهجمات في اليمن والخارج، بما في ذلك محاولة تفجير طائرة مدنية أميركية يوم عيد الميلاد في 2009.
ودعا التنظيم أنصاره مرارا الى مهاجمة فرنسا التي تشارك في الائتلاف الدولي ضد تنظيم داعش وتنفذ عمليات عسكرية ضد المتشددين في إفريقيا.
ودعت مجلة "انسباير" التابعة للتنظيم والصادرة بالانكليزية أنصاره الى شن اعتداءات في فرنسا وأدرجت اسم رئيس تحرير صحيفة شارلي أيبدو ستيفان شاربونييه المعروف بشارب على قائمة المستهدفين.
وقتل شارب في الاعتداء الأربعاء على مقر الصحيفة مع 11 شخصا آخرين.
وفي 2010، تبنى تنظيم القاعدة في جزيرة العرب محاولة إرسال طرود مفخخة الى الولايات المتحدة، كما تبنى تفجير طائرة شحن أميركية في دبي قبل ذلك بشهرين، إلا أن مسؤوليته عن هذا الحادث لم تثبت قط.
وبعد أن نجحت السعودية في التضييق بشكل كبير على القاعدة، تجمع عناصر التنظيم في اليمن لاسيما في الجنوب مستفيدين من ضعف الدولة المركزية هناك، وعززوا سيطرتهم على مناطق واسعة في الجنوب والشرق.
وتنفذ طائرات أميركية من دون طيار باستمرار غارات تستهدف قيادات وعناصر القاعدة في اليمن.
واستفاد تنظيم القاعدة أيضا من الاحتجاجات ضد الرئيس السابق علي عبدالله صالح، وبدأ عناصره ينفذون في بعض المدن والقرى أحكام الشريعة على طريقتهم، إلا أن الجيش اليمني نجح في طردهم من القسم الأكبر من معاقلهم في حزيران/يونيو 2012.
وفي أواخر 2012 قتل الرجل الثاني في التنظيم السعودي سعيد الشهري في غارة لطائرة بدون طيار. وفي 2011 قتل أيضا أنور العولقي الإمام اليمني المولود في الولايات المتحدة بإحدى هذه الغارات.
وشارك الشهري الذي اعتقل في غوانتانامو في برنامج المناصحة في بلاده قبل أن يعاود الظهور في اليمن.